抗原多肽选择的基本原则
发布时间：2020-09-15 06:25:23浏览次数：
1. 尽可能是在蛋白表面
2、保证该段序列不形成α-helix
3、N,C端的肽段比中间的肽段更好
4、避免蛋白内部重复或接近重复段的序列
5、避免同源性太强的肽段
6、交联可以交联在N、C两端，选择依据就是交联在对产生抗体不太重要的一端
7、序列中不能有太多的Pro,但有一两个Pro有好处，可以使肽链结构相对稳定一些，对产生特异性抗体有益。
为了使生产抗体获得最佳效果，仔细地设计抗原多肽是很有必要的，设计应满足一个基本条件：在免疫过程中，该抗原既不会产生过强的免疫反应，同时又能产生出对感兴趣的蛋白有结合能力的抗体。尽管抗原设计是一个很复杂的课题，有诸多需要注意的细节，根据我们所积累的经验，有几点关键的基本设计原则可以提供给大家参考：
1、确定抗体的用途
新开展一个研究项目，弄清楚所感兴趣的蛋白的一些基本特性是很有必要的，特别是如果知道蛋白的结构会对选择抗体易于接触和识别的识别区域有很大的帮助。然而，在没有这样精确的结构信息（多数是这种情况）的情况下，了解研究的用途会影响多肽设计的策略。例如：如果研究重点是集中在蛋白的不同区域，如C端或N端，或在一种特定状态下的蛋白，如磷酸化等，那么按照所需序列设计的多肽和产生的相应的抗体在应用上应该没有太大的困难，然而，蛋白的构象将影响抗体与其识别区域之间的相互作用。这种情况下可能存在的问题是如果在折叠的蛋白中，该识别区域被藏在蛋白的内部，抗体将无法接触到该区域。（无法产生相互作用）。
2、识别区域的选择原则
一般说来最理想的抗原性识别区域应具备亲水、位于蛋白表面和结构上易变形性等特点。因为在大多数的天然环境中，亲水区域倾向于集中在蛋白表面，而疏水区域常常被包裹在蛋白内部，同样道理，抗体只能与在蛋白表面发现的识别区域相互作用，而当这些识别区域有足够的结构易变形性而转移到抗体可接触的位置时，将会与抗体间有很高的亲和性。
3、连续的与不连续的识别区域
连续的区域是指由连续的氨基酸序列构成的识别区域。大多数抗体是针对连续识别区域的，抗体能与这类区域以很高的亲和力相结合表明这段序列不在蛋白内部。不连续的识别区域是代表有一定折叠的一段多肽序列，或是将两段分离开的多肽连在一起的抗体的识别区域。在某些情况下，针对这样不连续识别区域的抗体也能产生，只是用来免疫的抗原多肽必须具备与该不连续识别区域相似的二级结构，而序列的长度需要符合相关的要求。
4、基本建议
为了避免识别区域隐藏在蛋白内部的风险，我们通常建议选择蛋白的N，C两端来产生的相应的抗体。因为在完整的蛋白中，N，C两端通常是暴露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太强，不适合作为抗原。
5、序列的长度
通常我们建议抗原多肽的序列长度在8-20个氨基酸残基之间，如果太短，就有多肽太特殊、所产生的抗体与天然蛋白之间的亲和力（结合能力）不够强的风险，同样，如果序列长度超过20，将有可能引入二级结构，所产生的抗体失去特异性的可能，而且肽链越长，通常合成难度增大，不易获得高纯度的产品。
6、载体蛋白交联的选择
基本原则：将载体蛋白加在远离抗体识别区域的一端，在序列中没有Cys的情况下在N或C端加上Cys为交联的首选方法。
7、常用分析软件
MacVecfor TM ;DAN star TM;PC-Gene TM
多肽不稳定的原因：
脱酰胺反应：在脱酰反应中，Asn/Gln 残基水解形成Asp/Glu。非酶催化的脱酰胺反应的进行。 在Asn-Gly-结构中的酰胺基团更易水解，位于分子表面的酰胺基团也比分子内部的酰胺基团 易水解。
氧化多肽溶液易氧化的主要原因有两种，一是溶液中有过氧化物的污染，二是多肽的自发氧 化。在所有的氨基酸残基中，Met、Cys和His、Trp、Tyr等最易氧化。氧分压、温度和缓冲 溶液对氧化也都有影响。
水解：多肽中的肽键易水解断裂。由Asp参与形成的肽键比其它肽键更易断裂，尤其是 Asp-Pro和Asp-Gly 肽键。
形成错误的二硫键：二硫键之间或二硫键与巯基之间发生交换可形成错误的二硫键，导致三 级结构改变和活性丧失。
消旋：除Gly外，所有氨基酸残基的α碳原子都是手性的，易在碱催化下发生消旋反应。其 中Asp残基最易发生消旋反应。
β-消除：β-消除是指氨基酸残基中β碳原子上基团的消除。Cys、Ser、Thr、Phe、Tyr 等 残基都可通过β-消除降解。在碱性PH下易发生β-消 除，温度和金属离子对其也有影响。
变性、吸附、聚集或沉淀变性一般都与三级结构以及二级结构的破坏有关。在变性状态，多 肽往往更易发生化学反应，活性难以恢复。在多肽变性过程中，首先形成中间体。通常中间 体的溶解度低，易于聚集，形成聚集体，进而形成肉眼可见的沉淀。
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