冻干粉的保存：
多肽一般长期保存需要避光保存，并应保存在-20度以下，短期可以保存在4℃。可以短时间以室温运输。多肽在-20℃很稳定，特别是冷冻干燥并保存在干燥器中时，在将它们暴露于空气之前， 冷冻干燥多肽可以放于室温自然升温，这个过程需要一小时或更长, 随包装大小而异。否则, 当瓶打开时, 水气进入导致多肽凝缩而降低其稳定性。一旦打开, 应迅速称量完毕, 并立即密闭以免潮解, 尤其亲水肽更应注意。当无法冷冻干燥时，最好的方法是以小的工作样量存放。
对于含Cys, Met or Trp的多肽，脱氧缓冲剂对其溶解必不可少，因为这种多肽容易空气氧化， 在封瓶前，氮气或氩气保护会降低氧化作用。含Gln或Asn的多肽比较容易降解，所有这些肽与不含这些有问题的简单肽相比，保存期要短。
多肽溶液的保存
多肽溶液比干粉的稳定性差很多, 为了得到最好结果, 遵循下列原则:
1. 反复冻融有损于肽的活性, 所以建议分装成小包装保存。需要多少解冻多少, 用后剩余者弃掉。
2. 溶于PH5-7无菌的缓冲液中, 贮存于-20℃。
3. 包含Cys、Met、Typ、Glu、Asp的多肽易于氧化, 因此须保存在无氧化剂的环境中。
4. 由于细菌能降解多肽, 因此贮存前必须过滤除菌。
